Curso de Introdução à Genômica Microbiana e Metagenômica

Introdução à Genômica e Metagenômica Microbianas

• Visão geral da genômica e metagenômica microbianas
• Tecnologias de sequenciamento e designs de estudos típicos
• Principais formatos de arquivo e organização de dados

Controle de Qualidade e Pré-processamento

• Avaliação da qualidade das leituras e poda
• Remoção do hospedeiro e triagem de contaminações
• Normalização das leituras e considerações posteriores

Abordagens de Perfis Taxonômicos

• Perfis baseados em marcadores com MetaPhlAn
• Métodos de k-mer e classificação com Kraken2 e Bracken
• Comparação das saídas de perfis e visualização

Montagem e Agrupamento Metagenômico (visão geral)

• Estratégias de montagem e uso do SPAdes
• Conceitos de agrupamento de contigs e ferramentas comuns (breve)
• Avaliação da qualidade e completude da montagem

Anotação Genômica e MLST

• Anotação de genomas com Prokka
• Realização do MLST e interpretação dos tipos sequenciais
• Geração de relatórios para compartilhar resultados

Detecção de SNP e Filogenética

• Fluxos de trabalho baseados em mapeamento para detecção de SNP com Snippy
• Construção de árvores filogenéticas com IQ-TREE
• Visualização e interpretação das árvores com iTOL

Resistência Antimicrobiana e Perfis Funcionais

• Detecção de genes AMR com AMRFinderPlus, CARD e ResFinder
• Perfis funcionais e resumos de vias metabólicas
• Relatórios de resistência e anotações funcionais

Fluxos de Trabalho Reprodutíveis e Melhores Práticas

• Uso do Conda, Docker e modelos de pipelines para reprodutibilidade
• Gerenciamento de dados, padrões de metadados e princípios FAIR
• Escalabilidade de análises com recursos em nuvem e notebooks

Estudos de Caso e Laboratórios Práticos

• Análise de amplicons 16S/18S, do sequenciamento bruto à tabela taxonômica
• Perfilagem metagenômica e análise comparativa entre amostras
• Montagem genômica, anotação, filogenia de SNP e relatórios de resistência AMR

Resumo e Próximos Passos